加工食品中的微生物污染主要源自以下几个方面：
1. 材料污染 在食品加工之前，材料可能已经遭到了微生物的污染。这可能是因为种植、养殖过程中的环境原因（如土壤、水源）、动植物本身的携带或者是收成后的储存和运输过程中遭到的二次污染。
2. 加工环境 不洁的生产环境是致使食品污染的主要原因之一。假如车间内的空气、水、设施表面等存在细菌、霉菌或其他致病微生物，它们比较容易转移到商品上。
3. 职员原因 员工的手部卫生情况不佳、健康状况不好的（如患有传染病）、操作不规范都可能致使直接或间接地将微生物带入食品中。
4. 加工过程 在加工过程中假如温度控制不当、时间不够长或是其他杀菌手段实行不到位，就没办法彻底杀灭存在于材料中的微生物。除此之外，在冷却、包装等环节也会由于设施清洗度不够而引入新的污染源。
5. 包装材料与办法 用了受污染的包装材料或是在不干净的环境中进行包装也会导致食品遭到微生物侵染。
6. 储藏和运输条件 食品在储藏过程中若温度、湿度控制不当，容易滋生细菌。另外，在运输途中假如防护手段不到位，同样可能遭受外面环境中的微生物污染。
因此，为了确保食品安全，需要从材料采购到最后商品的每个环节都严格把关，并采取有效的预防控制手段来降低微生物的污染风险。
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